Aukštaitijos nacionaliniame parke yra virš 80 ežerų, viršijančių 0,5 ha plotą: Dringis, Lūšiai, Pakasas, Almajas, Ūkojas, Utenas, Baluošas, Asalnai, Tauragnas (giliausias šalyje), Žeimenys, Kretuonas, Vajuonis, Ūsiai, Kiaunas, Linkmenas, Žiežulnys, Asėkas, Alksnas ir kt. Svarbiausia upė – Žeimena, taip pat teka 17 mažesnių upelių (Kiauna, Kretuona, Švogina, Būka, Tauragna, Srovė, Minčia ir kt.). Pelkės užima apie 2000 ha (Pliaušės, Minčios ir kt.).